会計ソフト経理・法律に関する情報税理士 田中先生のワンポイントアドバイス

健康診断・人間ドック費用の取り扱い

掲載日2026年6月30日

厚生労働省では毎年9月を「職場の健康診断実施強化月間」と定めており、多くの企業がこの時期に健康診断を行います。６月になると、９月の健康診断に備えて準備を始める時期となります。

会社が従業員の健康診断費用を負担する場合、一定の条件を満たせば、給与課税されない非課税の福利厚生として計上できます。

健康診断費用が福利厚生費とされる要件は３つ、次のとおりです。

１．全従業員に平等に実施すること

全従業員を対象に平等に実施する必要があります。特定の者（特定の役職や部署、職種の従業員など）だけを対象としている場合は、福利厚生費となりません。

勤続年数などで対象者を限定している場合や、一部の役員だけに高額な検査を実施している場合も、福利厚生費として認められない可能性があるため注意が必要です。

２．検査の内容と金額が常識内であること

検査料金があまりに高い場合は、福利厚生費として認められないこともあります。税法上で明確な基準はありませんが、一般には従業員一人あたり10,000円〜15,000円程度が目安とされています。

３．検査費用は会社が直接払うこと

検査費用は会社が負担し、医療機関に対して直接支払う必要がある、というのが一般的な理解です。

ただし、この点について国税庁の通達や質疑応答事例を調べても検診費用を会社が直接医療機関に支払うか、従業員が立て替えて後日会社で精算するのかについての解説はなく、明確な根拠はないと考えます。